Vous incarnez Ryu Hayabusa, un jeune ninja fraîchement orphelin. Vous suivez les dernières instructions de feu votre père et débarquez à New York avec l’épée familiale (the Dragon Sword) afin d’y rencontrer une de ses connaissances, Walter Smith. À peine celui-ci vous a-t-il remis une étrange et inquiétante statuette qu’il est assassiné.